小程序市场虽然具有许多优点，如便捷性、低成本和丰富的功能，但也存在一些缺点，主要包括以下几点：
功能受限
小程序运行在特定平台的框架内，某些复杂功能的实现可能会受到限制。例如，对于一些对系统资源要求较高或者需要深度定制化的功能，小程序可能无法满足企业的全部需求。
用户留存率低
由于“即用即走”的特性，用户在使用完小程序后，往往不易形成长时间的使用习惯，进而影响了开发者的盈利模式。阿拉丁发布的小程序白皮书中显示，小程序的平均次日留存在13%左右，但是双周留存骤降到仅有1%。
技术稳定性与性能优化
小程序可能会出现卡顿、闪退、加载缓慢等问题，这些问题不仅影响用户的使用感受，还可能导致用户流失。此外，随着用户数量的增加和功能的不断扩展，小程序需要不断进行性能优化，以确保在各种设备和网络环境下都能流畅运行。
推广与获取用户困难
在竞争激烈的小程序市场中，吸引新用户并非易事。许多小程序在推广方面投入大量资源，但效果往往不尽如人意。一方面，用户对于新小程序的信任度较低，需要更多的引导和激励才愿意尝试使用。另一方面，市场上同类小程序众多，用户的选择余地大，导致新小程序难以脱颖而出。
开放性与链接限制
小程序不能跳转外链网址，限制了小程序的开放性。此外，小程序无法直接分享到朋友圈，只能通过二维码分享，这给一些依赖流量转化的商家带来了挑战。
依赖特定平台
小程序仅支持在微信内部运行，对于企业、组织等有一定的限制。与微信生态绑定，开发者难以获得完全自主的控制权。在一些高度自定义的场景下，开发难度较大。
成本与收益问题
虽然开发和维护小程序的费用相对较低，但小程序商城仅允许微信商户收款，并收取一定的手续费。此外，部分小程序公司打着便宜做的旗号，欺骗商家资质，这也对小程序发展造成不利影响。
个人开发者的挑战
个人开发者大多数没有保障，技术不到位，后期维护不到位，这对于商家来说，选择第三方小程序服务商显得尤为重要。
总结来说，小程序市场虽然具有很多优势，但在功能、用户留存、推广、开放性和平台依赖等方面仍存在一些明显的缺点。开发者和企业需要充分了解这些缺点，并在实际应用中加以应对和解决。