疫情调岗调薪的程序主要包括以下几个步骤：
推选协商代表
职工方和企业方协商代表人数应当对等，每方人数为3至9人，不得少于3人。其中一线岗位职工不得低于50%；女职工人数占企业总人数的10%以上的，职工方协商代表中应当有女代表；企业负责人、出资人、人力资源部门负责人不能担任职工方协商代表。
确定协商事项
疫情影响下工资的调整（如奖金、津贴、补贴等分配办法，停工停产期间工资待遇，计时工资、计件单价、加班工资和劳动定额标准等）。
疫情影响下的劳动关系安排（如待岗、轮岗）。
疫情影响下的工时及休假安排（如缩短工时、安排调休、年休假等）。
进行集体协商
职工方和企业方均可提出集体协商要约，各方收到要约书后，在20日以内予以书面答复，明确协商的时间、地点、内容、本方协商代表名单等，并对本方主张作出说明。
在集体协商会议召开五个工作日前，协商双方应当如实向对方提供协商方案以及与协商方案相关的信息和资料，企业方还应当提供的信息和资料包括工资集体协商所需要的本企业上年度营业收入、净利润、职工工资总额和职工平均工资等。
协商会议由协商双方首席代表轮流主持，首次会议由提出协商要约一方的首席代表主持。
集体协商会议应当由协商双方共同确定一名非协商代表担任记录员，做好会议记录。会议结束时，由全体与会协商代表在会议记录上签字确认。双方协商一致的，应当形成集体协议草案，由双方首席代表签字；未协商一致的，见第四条“纠纷处置”。
书面变更合同
人力资源部门要提前确认给员工降薪降职前等需要进行协商变更的内容，主要包括制定工资变更的内容和变更的方式。
确定变更的内容之后，就以书面的形式向员工发出变更合同的意向，并对变更的法律依据及客观事实情况要进行解释说明。
跟员工达成一致，取得员工的同意，然后需要员工以书面形式确认，并在原劳动合同的变更页上填写变更内容并由双方签字确认。
将变更后的劳动合同交予员工一份，即各执一份。
员工异议处理
如果员工对调岗调薪有异议，可以向公司提出，并寻求法律和事实解释。
如果协商不成，员工可以申请劳动仲裁解决劳动纠纷。
其他程序
如果公司与员工之间不能协商一致，员工可以要求有关机构调解，如合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
以上是疫情调岗调薪的主要程序，建议公司在实施过程中确保遵守相关法律法规，并与员工进行充分沟通，以减少纠纷。