元朝的科举考试程序主要分为三个阶段：乡试、会试和殿试。
乡试
乡试是元代科举的起点，每三年举行一次，分为三场。
考试时间为八月二十日、二十三日和二十六日。
考试内容根据考生种族（蒙古人、色目人、汉人、南人）有所不同。蒙古人和色目人考经问五条和策一道；汉人、南人考明经二问、经义一道和古赋、诏诰、章、表内选择一道作答。
乡试成绩优异者被称为乡贡进士，由地方官府发给凭证，凭此参加次年在京城举行的会试。
会试
会试由中书省礼部主持，称为省试，时间在乡试次年二月，也是分三场进行。
第一场考试蒙古人、色目人试经问五条，汉人、南人试明经二问，以朱熹《四书集注》为标准。
第二场考试蒙古人、色目人试策一道，汉人、南人试古赋、诏诰、章、表内科一道。
第三场考试汉人、南人试策一道，要求从经史时务中出题。
会试中选合格者300人到大都（今北京）参加殿试。
殿试
殿试的时间一般在三月初，地点在翰林国史院。
考试内容为策问，由皇帝亲自面试，考察考生的政治才能和学术水平。
殿试后，皇帝会呼名召见登第进士，并进行唱名、谢恩、放榜等仪式。
总体来说，元朝的科举考试程序严格遵循了分级考试的原则，不同种族的考生在考试内容、难度和格式上有所区别。这一制度体现了元朝对人才选拔的重视，尽管在实施过程中受到政局动荡的影响，但总体上还是坚持了下来，并取得了显著成效。