毕业设计抽检程序通常包括以下几个步骤：
数据准备
汇总表准备：确认学生名单并导出学生毕业设计材料，包括毕业设计文档和压缩包。
材料检查：将导出的材料发给指导老师检查，主要检查毕业设计文档内容是否规范，学生压缩包内的材料是否完整，是否有冗余的过程材料。收回整改和补充完整的论文及压缩包材料。
上传汇总表
将汇总表上传至相关平台或系统。
上传毕业设计论文及附件
建议按专业分段上传对应的学生毕业设计论文及附件。
确定抽检范围
由省级教育行政部门基于抽检信息平台和本地区学士学位授予信息，采取随机抽取的方式确定抽检名单。抽检论文要覆盖本地区所有本科层次普通高校及其全部本科专业。
学术不端行为检测
利用抽检信息平台对抽检论文进行学术不端行为检测，如查重，检测结果供专家评审参考。
组织专家评审
省级教育行政部门采取随机匹配方式组织同行专家对抽检论文进行评议，提出评议意见。每篇论文送3位同行专家，3位专家中有2位以上（含2位）专家评议意见为“不合格”的毕业论文，将认定为“存在问题毕业论文”。3位专家中有1位专家评议意见为“不合格”，将再送2位同行专家进行复评。2位复评专家中有1位以上（含1位）专家评议意见为“不合格”，将认定为“存在问题毕业论文”。
反馈评审结果
本科毕业论文抽检结果由省级教育行政部门向有关高校反馈、抄送省级学位委员会，同时报教育部备案。抽检结果以适当方式向社会公开。
处理异议和申诉
省级教育行政部门应建立本科毕业论文抽检申诉机制，规范申诉处理程序，保障有关高校和学生的合法权益。
监督与保障
教育部定期对各省级教育行政部门本科毕业论文抽检工作情况开展监督检查，并将工作情况纳入省级人民政府履行教育职责评价的范畴。省级教育行政部门应保障本科毕业论文抽检工作经费，列入年度工作预算，确保抽检工作顺利开展。
通过以上步骤，毕业设计抽检程序旨在确保学位授予的学术质量，维护学术诚信，促进教育公平，并严把人才培养质量关。