工程成本审计程序主要包括以下几个步骤：
项目启动阶段
明确审计目标和任务，确定审计的范围和重点。
制定审计计划，并确定审计组织机构和人员。
开展前期调研，包括项目情况、建设规模、投资计划、工程进度等，并获取工程设计文件、施工合同、成本核算数据等相关资料。
审计准备阶段
确定审计组织架构、审计人员名单及分工，并制定审计工作流程及工作细则。
编制审计工作计划，明确审计工作的目标、内容、对象、方法、步骤、时间进度、审计工作的计划和安排等。
实施审计阶段
对组织审计的项目，由工程主审负责对审计程序、质量、进度等进行跟踪检查。
外聘人员在与施工单位核对前应将初审情况告知工程主审，由工程主审与施工单位联系并在审计局指定地点进行核对，工程量的复核工程部、审计部、主审与施工单位四方进行现场测量的，应将测量结果形成书面勘察记录。
对审计异议问题，科室负责人召集审计组商议，并请分管领导一并参加，形成一致意见的均应形成业务会议纪要；与建设、施工等相关单位沟通协调的，应形成协调会议纪要。
工程核定单经登记后，由审核人签字，建设、施工单位签字盖章（一式五份）后，送审计局，复核、批准、盖章后生效。
审计结果的分析和总结
对审计程序的执行结果进行分析和总结，确定审计发现和问题，并提出建议和意见。
编写审计报告
根据审计结果，编写审计报告，包括对审计对象的评价、审计发现和问题、建议和意见等。
对审计报告进行审批和发布，包括对审计报告的内容、形式和语言进行审查和修改，并确定审计报告的发布方式和时间。
其他相关审计内容
工程成本管理审查：通过对人工费、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费等构成成本五大要素的逐一审查，找出薄弱环节，提出对策和建议。
安全、质量、工期的审查：审查施工进度是否按计划进行，是否存在只抓进度而放松工程安全和质量管理，有无违规操作而导致安全质量事故的发生，造成经济损失。
内控制度的审查：审查各项内控制度是否贯彻实施，有无流于形式而造成管理失控，对分包工程是否进行有效管理，是否存在只包不管或以包代管现象，有无因管理不善而造成返工窝工等现象，影响工期和效益。
对工程结算、会计核算的审计：工程价款收入支出是否真实，工程结算是否符合规定，验工计价是否及时，手续资料是否完备，有无拖欠工程款现象，成本核算是否符合会计制度。
这些程序共同构成了工程成本审计的完整流程，旨在确保审计质量，控制审计风险，并提高工程项目的经济效益和管理水平。