今日头条小程序被下架的主要原因是所选类目与小程序运营内容不符合。根据微信官方回应，今日头条小程序因用户投诉并经平台审核，发现该小程序内容涉及文娱视频信息，但未提交视频相关类目及资质。平台下发站内信警告整改后，今日头条小程序并未在限期内整改，因此根据《微信小程序平台运营规范》，平台对其进行下架处理。
此外，微信方面还提到，今日头条小程序在2019年1月26日因违规处理公告被点名，微信平台明确禁止外部链接的测试、诱导行为。这可能是导致今日头条小程序被下架的另一个原因。
综上所述，今日头条小程序被下架的主要原因是未提交视频相关类目及资质，并且未在限期内整改违规内容。