船员证书的签发程序通常包括以下几个步骤：
受理
申请人需要向有相应船员适任证书签发权限的海事管理机构提交书面申请，并附上符合申请条件的证明材料。
海事管理机构会检查申请事项是否属于其管辖范围，以及申请人是否符合申请条件和申请材料是否齐全。
审核
海事管理机构对申请材料进行审核，确保材料填写规范、完整，并符合相关法律法规及标准。
审核通过后，海事管理机构会出具加盖印章的《海事业务受理通知书》给申请人。
审批
审批人根据审核结果，提出审批意见，并作出准予许可或不予许可的决定。
对于符合规定条件并通过国家海事管理机构组织的船员任职考试的申请人，海事管理机构将发给相应的船员适任证书及船员服务簿。
发放
证书核发后，申请人可以选择自取或邮寄方式领取证书。选择自取方式的，申请人可凭本人身份证或回执、《海事业务受理通知书》领取证书；选择邮寄方式的，海事管理机构会邮寄证书到指定的邮寄地址。
归档管理
审批过程中产生的所有文件和资料都会进行归档管理，确保档案的完整性和可追溯性。
办结期限
根据相关规定，船员证书的办理期限通常为10个工作日。对于符合规定的申请，海事管理机构将在承诺的期限内完成证书签发。
以上步骤仅供参考，具体流程可能会因地区和具体情况有所不同。建议申请人在申请船员证书前，详细查阅当地海事管理机构的相关规定和要求。