根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》和《中华人民共和国公司法》的规定，申请设立公司需要提交以下程序文件和材料：
申请书
申请书应当包含公司的基本信息、设立目的、股东结构等内容。
申请人资格文件及自然人身份证明
包括企业法定代表人的身份证明、股东的身份证明等。
公司住所或主要经营场所相关文件
包括房屋租赁合同、产权证书等。
公司章程
公司章程是公司的基本法规，涵盖公司的经营宗旨、股权结构、组织机构、财务管理等内容。制定公司章程时，应充分考虑公司发展战略和股东诉求，确保内容完整、合法合规。
法律法规规定的其他材料
根据具体行业和地区的要求，可能还需要提交其他相关材料，如验资报告、房屋租赁合约、产权证书、股东名单、其它必要文件等。
公司名称预先核准
在申请注册公司之前，需要先到当地工商局申请公司名称预先核准，并获得核准通知书。
刻制印章
到公安机关指定的部门刻制公司公章、法人章、财务章等。
开立银行账户
到银行开立基本账户及其他账户，并报备税务信息。
其他相关证照
包括税务登记证、组织机构代码证等。
建议：
在准备这些材料时，应详细查阅当地市场监督管理部门提供的具体清单和文书格式样本，确保材料齐全、格式正确。
可以通过当地政府网站或登记机关官网查询最新的注册要求和流程。
如果公司涉及特殊行业，还需额外提交相关行业许可证或批准文件。