法院依法审计程序一般包括以下阶段：
计划阶段
审计机关根据国家形势和审计工作实际，对一定时期的审计工作目标任务、内容重点、保证措施等进行事前安排，作出审计项目计划。
实施审计阶段
审计人员通过检查、查询、监督盘点、发函询证等方法实施审计。
通过收集原件、原物或者复制、拍照等方法取得证明材料。
对与审计事项有关的会议和谈话内容作出记录，或者要求被审计单位提供会议记录材料。
记录审计实施过程和查证结果。
审计完成阶段
审计人员完成审计任务后，应在指定地点进行审计，不得将审计资料带出指定地点。
审计机构根据案件需要调查取证、对资料进行审计之后出具审计报告。
司法审计的指定
包括司法审计的提出、受理司法审计、选用司法会计人员和送交司法审计材料等内容。
受理委托前，应了解案情和核查的内容要求，核对检材的名称、数量，确定这些检材能否保证司法审计工作的完成。
受理委托后，司法鉴定部门负责人指派具有办理此案能力的具有司法会计鉴定资格的人员进行鉴定。
具备司法审计条件的案件，受理时应当经领导审批，审批权限、公检法、纪检、监察都有具体的规定，应严格执行。决定不予受理的案件，应根据实际情况向送检人说明理由。
作出鉴定结论
司法审计经法律程序提起，确定司法审计内容和要求后，进行司法审计是进入司法会计工作的实际步骤。
司法会计应根据案件的具体情况拟定方案，确定不同的检验方法、步骤和重点。
司法审计意见虽然不直接作为证据使用，但它被作为证明案件真实情况的其他证据，作为提供旁证加以运用，成为审查证据的一种手段。
这些程序旨在确保审计工作的合法性、公正性和有效性，从而为法院提供可靠的审计结果，以支持司法判决。