破产程序清算方法主要包括以下几种：
和解清算
在法院受理破产申请后，债务人和债权人通过协商达成和解协议，债务人按照协议清偿债务，从而避免破产清算的程序。这种方式可以在一定程度上保护债务人的利益，同时也能使债权人获得部分清偿。
破产宣告清算
当债务人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力时，法院经债权人申请或依职权宣告债务人破产，进入清算程序。在此过程中，由清算组对债务人的财产进行清理、变价和分配，以清偿债权人的债权。
强制清算
在特定情况下，如公司解散后逾期不成立清算组进行清算，或者虽然成立清算组但故意拖延清算等，债权人或股东可以向法院申请强制清算。法院会指定清算组进行清算，以保障债权人的合法权益。
资产评估与处理
破产企业财产的清算包括财产的清理、评估和处理。清理主要是对财产进行权属界定、范围界定、分类界定和登记造册。评估是为破产财产的处理提供参考价格和底价，一般由专业评估师进行。处理则是将非货币财产变为货币财产的过程，通常通过拍卖或变卖的方式进行。
债权人会议
在破产程序中，会召开债权人会议，债权人可以通过会议行使权利，如审查债权、听取财产状况报告、监督管理人工作、讨论破产财产的管理、变价和分配方案等。
破产财产分配
根据债权人会议通过的方案，对企业资产进行处置，并将所得资金用于清偿债务。清算组提出破产财产分配方案，经债权人会议讨论通过，报请人民法院裁定后执行。在分配过程中，应优先拨付破产费用。
这些方法确保了破产程序的公正性和透明度，同时尽可能保护了债权人和债务人的合法权益。