物流运费的计算程序通常包括以下几个步骤：
确定运输方式
根据货物的重量、体积和目的地等因素，选择合适的运输方式，如快递、零担物流和整车物流等。不同的运输方式有不同的计费标准和价格。
计算基础运费
基础运费通常根据包裹的重量和体积来计算。例如，快递通常以首重和续重的方式计费，即首重部分收取固定费用，续重部分按照每公斤或每立方收取一定费用。零担物流则通常按照货物重量和运输距离计费。
加上附加费用
根据具体情况，加上额外的费用，如燃油附加费、保险费、包装费等。这些费用因运输方式、货物种类和运输距离等因素而异。
汇总所有费用
将基础运费与附加费用相加，得出总运费。在实际操作中，可能还需要考虑其他因素，如偏远地区运输费、急件费等。
通过以上步骤，可以较为准确地计算出物流运费。使用专门的运费计算工具或软件可以简化这一过程，提高计算效率和准确性。