检察院自检程序是指人民检察院在直接受理刑事案件时，依法进行的侦查、收集证据、审查决定是否提起公诉等步骤。具体程序如下：
受理案件
人民检察院对于报案、控告、举报和自首的材料，按照管辖范围迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，予以立案。
侦查活动
人民检察院依法进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或无罪、罪轻或罪重的证据材料。
立案审查
对于控告、检举、自首等材料，人民检察院应当及时进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，填写《立案请示报告》，经检察长批准或检察委员会决定立案后，报上级检察院备案。上级检察院认为不应当立案的，应书面通知下级检察院予以撤销。
侦查计划
对于已经决定立案侦查的案件，应当制定侦查计划，经主管科、处长或检察长同意后进行。人民检察院在侦查工作中可以委托有关单位调查，并由检察人员对有关证据材料进行审核并签注意见。
决定起诉或不起诉
侦查终结后，人民检察院根据侦查结果作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。
紧急措施
对于需要采取紧急措施的，可以先行采取紧急措施，然后移送主管机关处理。
复议程序
控告、检举单位或控告、检举人不服不立案决定的，可以申请复议，复议的情况应当通知控告、检举单位或控告、检举人。
这些程序均依据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释执行，确保检察院在自侦案件中的合法性和规范性。