债券回购审计程序主要包括以下几点：
取得国债回购明细清单并函证
获取资产负债表日券商国债席位上所有尚未到期的国债回购明细清单。
向证券登记结算公司函证，以确认国债回购的种类、数量、金额是否正确。
由于虚拟券的特性，证券登记结算公司提供的信息可能无法证明已回购国债对应的现券所有权。
核对国债回购清单与卖出回购证券款明细
将国债回购清单中的标准券种类、数量、金额与资产负债表上卖出回购证券款明细进行核对。
如出现差异，则说明有客户的国债被用于回购。
解释差异原因并提供现券所有者清单
请券商解释产生差异的原因。
提供差异的国债现券所有者清单，这可能涉及两种情况：
法人客户委托券商进行回购交易。
客户的国债被券商挪用。
这些程序有助于注册会计师在审计过程中识别和确认国债回购交易的真实性和合规性，从而评估财务报表的准确性和可靠性。