学校纪检办案程序一般包括以下阶段：
受理
案件承办部门对群众或组织直接检举控告的、上级交办的、有关机关移送的、违纪者自述的以及纪检监察机关发现的线索材料进行受理。
经过领导批示后，造册登记并采取恰当方式处理。
初步核实
在立案前进行初步调查摸底核实，了解所反映的问题是否存在，为立案与否提供依据。
初核不同于一般人民来信的了解和立案后的调查，是案件检查的一个重要阶段。
立案检查
纪检监察机关在初步调查核实后，认为确有违纪事实并需要追究纪律责任的，决定进行深入调查，并按照有关规定办理手续。
调查核实
在调查过程中，要查清被调查对象的基本情况、违纪行为发生的时间、地点、原因、条件、违纪行为的发展过程及情节、违纪手段、涉及的人和事以及有关问题的状况和造成的后果。
移送审理
调查终结后，需要追究党政纪责任的案件都要移送审理。
移送审理包括审查立案材料、写出《立案呈批报告》等。
审理
案件审查结束，进入审理环节，需要保障案件审理的准确、公正、规范。
作出处理决定
审理结束后，如果需要被调查人所在单位党组织作出处理决定的，应当在一个月内作出。
案件终结
下达处分，案件终结。
整个办案流程应严格遵照纪检监察办案流程进行，以保证当事人得到公正、公平的对待。