线上小程序商城需要交纳的税种主要包括以下几项：
增值税
增值税是根据商家从销售商品或提供服务中获得的收入，按照一定的比例缴纳的。小程序商城作为在线交易平台，同样适用这一规定。具体税率根据商家类型（小规模纳税人或一般纳税人）和商品或服务的类型有所不同。例如，小规模纳税人增值税率为3%。
个人所得税
如果商家通过小程序商城开展经营活动获得收入，并且达到了纳税起征点，就需要根据个人所得税法的规定纳税。商家可以根据相关法规享受一定的税收优惠政策。
企业所得税
对于企业类型的商家，除了增值税和个人所得税外，还需要缴纳企业所得税。企业所得税是根据企业的利润总额乘以税率（通常为25%）来计算的。
其他附加税
根据相关法规，商家还需要缴纳城建税、教育费附加和地方教育费附加等附加税。这些附加税的计算通常是基于增值税的金额。
印花税
印花税等其他税种也可能适用于小程序商城的交易活动，但具体税率和征收方式需要参照相关法规。
建议
商家在运营小程序商城时，应确保依法纳税，避免逃税漏税。同时，应咨询专业的税务顾问或会计师，以确保正确理解和遵守相关税收政策，合理降低税务负担。