追缴税款的程序主要包括以下几个步骤：
发现与立案
税务机关在税收稽查中发现虚开发票行为后，将根据情况向公安机关报案，并同时启动税款追缴程序。
计算税款与罚金
税务机关会根据虚开发票涉及的金额，按照税法规定的税率计算应补缴的税款，并对逃税行为按规定加收滞纳金和罚款。
追缴通知
税务机关将向犯罪嫌疑人或其代表发出税款追缴通知书，明确告知应缴税款的金额、期限以及不按期缴纳的法律后果。
实施追缴
在规定的期限内，犯罪嫌疑人应当缴清税款及相关罚金。如未按期缴纳，税务机关可以采取扣押、冻结其银行账户、查封其财产等措施，确保税款的足额收回。
法院判决
如果案件进入司法程序，法院在对虚开发票罪行进行判决时，会在判决书中明确罚金及应缴税款的数额和支付方式。
强制执行措施
税务机关可以采取多种强制执行措施，包括书面通知开户银行扣缴税款、扣押查封财产、拍卖财产以抵缴税款等。
出境限制
欠缴税款的纳税人在出境前未按规定结清应纳税款，或提供纳税担保的，税务机关可以通知出入境管理机关阻止其出境。
法律依据
相关法律如《中华人民共和国税收征收管理法》第二百零一条、第四十条等，对逃税行为的处罚和追缴程序有明确规定。
补缴与处罚
纳税人补缴应纳税款及滞纳金后，如已受行政处罚，则不予追究刑事责任，但特定情况下（如五年内受过刑事处罚或两次以上行政处罚）除外。
税款退还
纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还。纳税人发现多缴税款，可以在3年内向税务机关申请退还，并加算银行同期存款利息。
这些程序确保了税收违法行为得到及时有效的处理，维护了国家税收法律的严肃性和公平性。建议纳税人在发现自身存在税务问题时，及时与税务机关联系，依法补缴税款，以避免更严重的法律后果。