分析程序在审计过程中的不同阶段都有其特定的应用，主要包括以下几个方面：
风险评估阶段
目的：了解被审计单位及其环境，评估财务报表层次和认定层次的重大错报风险。
方法：通常包括对账户余额变化的分析，并辅之以趋势分析和比率分析。
实质性程序阶段
目的：当使用分析程序比细节测试能更有效地将认定层次的检查风险降至可接受的水平时，分析程序可以用作实质性程序。
方法：可以单独使用或结合其他细节测试，收集充分、适当的审计证据。
总体复核阶段
目的：在审计结束或临近结束时对财务报表进行总体复核，评价财务报表整体的合理性，考虑是否存在重大错报风险未被发现的可能性。
方法：使用的数据通常是高度汇总的，侧重于解释财务报表项目自上个会计期间以来的重大变化。
建议
风险评估阶段：应重点使用分析程序来了解被审计单位及其环境，识别潜在的重大错报风险。
实质性程序阶段：在评估的重大错报风险较高时，结合细节测试使用分析程序，以提高审计效率和效果。
总体复核阶段：通过分析程序对财务报表整体的合理性进行最终把关，确保审计结论的准确性。
通过在不同阶段合理运用分析程序，注册会计师可以更有效地识别和评估财务报表中的重大错报风险，从而提高审计质量。