公司清除股东需要遵循一定的程序，这些程序可能因具体情况而异，但大体上包括以下几个步骤：
催缴出资
公司向欠缴出资的股东发出书面催缴书，要求其履行出资义务。
给出不少于六十日的宽限期，期满后仍未履行出资义务的股东将被除名。
董事会决议
公司经董事会做出除名决议，确定除名的股东。
发出失权通知
公司向该股东发出失权通知，通知应当以书面形式发出，自通知发出之日起，该股东丧失其未缴纳出资的股权。
股权转让
股东将丧失的股权依法转让给其他股东或第三方。
转让过程需要遵循公司内部程序和工商变更登记的要求。
特殊情况下的处理
如果股东存在违反法律法规或者公司章程规定的情况，公司可以通过股东会决议解除该股东资格，但需遵守法定程序并符合法定条件。
协商与诉讼
公司可以通过与非股东协商，达成股权回购协议，由公司或其他股东回购其股权。
如果协商不成，公司可以提起诉讼，请求法院判决被告转让其拥有的全部股份，然后依法院判决到工商部门办理变更登记。
公司章程的规定
公司章程可能对股东退出机制有特殊规定，比如规定在何种情况下股东可以被除名，或者股东退出的具体程序等，需要按照公司章程执行。
股东会决议
公司可以通过股东会决议的方式去除股东，必须是该股东未履行出资义务或者抽逃全部出资，经公司催告，其在合理期间内仍未缴纳或者返还的。
工商变更登记
公司应当自变更之日起30日内向工商行政管理部门申请变更登记，提交股权转让协议、修改后的公司章程等相关文件，办理股东变更手续。
总结来说，公司清除股东需要经过催缴出资、董事会决议、发出失权通知、股权转让、协商与诉讼、遵守公司章程、股东会决议和工商变更登记等步骤。每一步都需要严格按照相关法律和公司章程的规定进行，以确保程序的合法性和有效性。