合同审计的程序主要包括以下几个方面：
信息收集
审计师在审查合同前，需要了解与合同相关的政策、规定、技术标准、规范以及价款、酬金计算依据等。
信息审查
审计师对合同的立项依据、主体资质、对方资信、合同内容及签订程序等进行详细审查。
合同签订
经审查合格的经济合同，由审计师签署意见并签字，经内部审计部门负责人审核同意后，盖合同审计专用章，送交合同经办单位或部门办理合同签订手续。对审查不合格的或需要修改的合同，内部审计部门出具审计意见，退回主管部门或主办单位重新拟订或进行修改。重新拟订或进行修改后的合同再报经审查合格后，盖合同审计专用章，送交合同经办单位或部门办理合同签订手续。
跟踪审计
合同执行过程中，审计师根据需要对合同执行结果进行跟踪审计，了解合同履行情况，审查有无违约行为，并协助有关部门进行处理。
基础审查
对合同样本进行基础审查，一眼看过去就能知道存在法律瑕疵的专业审查。
事实审查
审查合同在履行过程中已经或必然反映出来的事实，包括是否成立、是否有风险等。
调查式询问
根据看到的文字样本结合自己的思考，展开对确定事实的询问，对不确定或推定事实的询问，或者通过对客户或客户合作相对方进行询问，以及通过召集各方参与座谈会进行系统沟通与询问。
证据审查
对需要证明的事实进行遴选，然后针对这些事实寻找相应证据佐证自己的观点。审查过程中不能只听客户陈述，随意进行形式审查，而需要去相关主管部门调查核实，进行实质审查。
法规规范的应用
在审查过程中，考虑如何应用相关法律规范，规范各方权利与义务。
合同文本的修改
根据综合评价修改合同文本，可能是法律规范、事实证据、逻辑结构或文字结构的调整等。
形式审查
查看合同是否具备开头、正文、签名三个部分，是否附有对方营业执照、其他证书、法定代表人身份证明书、委托书等相关材料，并检查相关文件之间内容是否有矛盾之处。
实质审查
主要是对合同正文的审查，包括合同条款是否完备、合法，合同内容是否公平，条款内容是否清楚，是否存在重大遗漏或严重隐患、陷阱等。
沟通、参照与判断
与合同经办人、起草人甚至对方进行沟通，就合同谈判、协商及合同目的等内容进行交流，对合同条款中不清楚或者含糊的条款，需要他们作出明确的解释和说明。同时，参照相关法律法规，判断合同是否合法。
通过以上程序，审计师可以全面、系统地审查合同，确保合同的合法性、合规性和有效性。