专利实质审查的程序主要包括以下几个步骤：
实质审查程序的启动
申请人启动：
申请人需在申请日（有优先权的，指优先权日）起3年内提出实质审查请求，并缴纳实质审查费。
专利局启动：
国务院专利行政部门在认为必要时，可以自行对发明专利申请进行实质审查。
实质审查请求的审查及处理
实质审查请求符合规定的，审查员将发出发明专利申请进入实质审查阶段通知书。
实质审查程序中的基本原则
请求原则：除另有规定外，实质审查程序只有在申请人提出实质审查请求的前提下才能启动。
听证原则：审查员在作出驳回决定之前，应当给申请人提供至少一次针对驳回所依据的事实、理由和证据陈述意见和/或修改申请文件的机会。
程序节约原则：审查员应在第一次审查意见通知书中，将申请中不符合专利法及其实施细则规定的所有问题通知申请人，要求其在指定期限内对所有问题给予答复，以节约程序。
实质审查的内容
实质审查不仅包括对申请案的形式要件进行审查，还要对申请案中的发明创造是否符合新颖性、创造性和实用性等实质性要件进行审查。
实质审查的程序事项
受理阶段：专利局收到专利申请后进行审查，符合受理条件的，发出受理通知书。
初步审查阶段：对申请进行保密审查、形式审查、内容审查等，合格的发给初审合格通知书。
公布阶段：发明专利申请自发出初审合格通知书起进入公布阶段，未提出提前公开的请求的，自申请日起满18个月公布。
实质审查阶段：在申请公布后，申请人提出实质审查请求并已生效的，进入实审程序。审查员对专利申请进行全面审查，通知申请人陈述意见或进行修改，未答复的视为撤回，多次答复仍不符合要求的予以驳回。
授权阶段：经实质审查未发现驳回理由的，审查员作出授权通知，申请进入授权登记准备，颁发专利证书并公告。
其他相关程序
复审阶段：专利申请被驳回时，申请人可以请求专利复审委员会进行复审。
专利无效：任何单位或个人认为专利权的授予不符合规定的，可以请求专利复审委员会宣告该专利权无效。
以上是专利实质审查的主要程序，供你参考。