手机刷程序存在以下危害：
系统稳定性：
刷机可能导致手机系统不稳定，出现死机、重启等问题。
安全性：
刷机可能使手机失去原有的安全防护措施，增加被病毒、恶意软件攻击的风险。
保修问题：
刷机可能导致手机失去原厂保修，若手机出现故障需要维修时，可能需要自行承担费用。
硬件损坏：
刷机过程中可能出现硬件损坏，如电池、存储器等部件受损，导致无法正常使用。
用户体验：
刷机可能导致手机功能缺失或改变，影响用户体验。
更新困难：
刷机后可能无法正常接收官方推送的系统更新，导致部分功能无法使用或出现兼容性问题。
法律风险：
在某些国家和地区，未经授权擅自刷机可能触犯法律法规，导致法律责任。
电量消耗：
刷机过程中，手机会进行大量的读写操作，导致电池更快地耗尽。
个人信息泄露：
如果使用来源不明的刷机包，可能存在手机个人信息泄露的风险。
变砖风险：
刷机过程中如果出现意外，比如突然断电、刷机包和手机不匹配等，有可能让手机无法启动，即“变砖”。
综上所述，虽然刷机可以为用户带来更多的定制化和个性化选择，提升手机的性能和权限，但同时也存在诸多风险和不便之处。建议用户在刷机前仔细考虑，并选择可靠的ROM和工具，以避免不必要的损失。