重庆协议离婚的程序如下：
申请
夫妻双方自愿离婚，需携带身份证、户口簿、结婚证、离婚协议书等材料，共同到一方常住户口所在地的婚姻登记机关提出申请。
受理
婚姻登记员对提交的材料进行初审，初审无误后发给《离婚登记申请受理回执单》。
冷静期
自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日的次日开始计算，期间为30天。在冷静期内，任何一方不愿意离婚的，可以持有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》，向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。
审查
冷静期届满后30日内，双方当事人需持规定的证件和材料，包括离婚协议书、结婚证、户口本、每人2张2寸单人近期半身免冠照片等，共同到婚姻登记机关申请发给离婚证。
登记（发证）
婚姻登记机关对材料进行审查，审查无误后予以登记并发给离婚证，当事人从取得离婚证起解除夫妻关系。
建议在办理协议离婚时，确保所有材料齐全且真实有效，并在整个过程中保持耐心和沟通，以顺利完成离婚登记。