物流计算程序主要包括以下几个方面：
企业物流成本的确认
采购供应成本的确认
生产活动物流成本的确认
企业内物流成本的确认
销售物流成本的确认
回收物流成本的确认
企业物流会计的核算
成本核算的一般程序
企业物流会计的账户设置
物流成本核算的方法
一般物流成本的核算方法
按支付形态计算物流成本
按功能计算物流成本
按适用对象计算物流成本
显性物流成本计算
选取会计科目
设置物流成本辅助账户
计算物流成本
隐性物流成本计算
期末对存货按采购在途、在库和销售在途三种形态分别统计出账面余额
计算存货占用自有资金所产生的机会成本
存货资金占用成本 = 存货账面余额 × 行业基准收益率
当企业无法取得行业基准收益率时，可以使用一年期银行贷款利率或企业内部收益率计算
这些程序和方法帮助企业全面、准确地核算物流成本，从而为物流管理和决策提供支持。