工程结款的程序通常包括以下几个步骤：
工程竣工验收合格
每项合同所对应的工程施工完成后，包括总包、所有分包、材料设备等，都要进行四方验收。
四方验收时，除了签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方、监理、甲方工程人员、预算人员签认。
结算资料准备与审核
每项工程验收合格后，乙方需要汇总整理所有结算资料，并上报给监理及甲方。
监理负责审核结算资料的完整性，确保资料齐备符合竣工资料的验收要求，并将审核结果反馈给甲方和乙方。
甲方的预算人员原则上应该自己审核结算资料，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则可以由该公司负责审核，甲方预算及工程人员配合完成结算工作。
核对与谈判
甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报各方主管领导解决。
双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，经同意后在结算书上签发书面意见。
签发付款
结算完成后，由乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发后交财务付款。
其他相关手续
在编制结算时，要对相关资料进行审查，确保资料完整齐全。
工程量是审核的关键，需要仔细核算，防止多报或漏报。
定额单价的审核不可忽视，确保单价应用准确。
其他费用的审核应坚持合情合理，根据费用发生具体对待。
法律依据
工程结算应依据《建设工程价款结算暂行办法》等相关法律法规和合同约定办理。
总结起来，工程结款需要经过工程竣工验收、结算资料准备与审核、核对与谈判、签发付款等程序，确保工程进度和合同履行。在整个过程中，应严格按照相关规定和合同约定进行操作，以保证结算的合理性和准确性。