征用耕地的程序办理主要包括以下几个步骤：
办理用地申请
用地单位需要向土地所在地的区县国土房管局提交相关文件、资料，提出用地申请。
拟定征地方案
行政主管部门收到用地单位提出的用地申请后，应在30日内拟定农用地转用方案、补充耕地方案、征用土地方案、工地方案。
征地审查
国土房管局根据各项征地相关方案编制建设项目呈报说明书，并报送同级人民政府审核。
征地审核与批复
行政主管部门收到建设项目呈报说明书和有关方案后，对文件资料齐全符合条件的，应当在5日内报经同级人民政府审核。
征用土地方案的公告
征用农民集体所有土地的，征用土地方案应当在被征用土地所在的村、组内以书面形式公告，其中征用乡（镇）农民集体所有土地的，在乡（镇）人民政府所在地进行公告。
制定征地补偿安置方案
区县国土房管局根据征用土地方案和征地补偿登记情况，拟定征地补偿、安置方案。
征地补偿、安置方案的公告
有关人民政府的国土房管部门会同有关部门根据批准的征收土地方案，在征收土地公告之日起45日内以被征收土地的所有权人为单位拟定征地补偿、安置方案并予公告。
补偿安置的实施
完成上述步骤后，用地单位可以开始实施补偿安置方案，交付土地。
颁发建设用地批准书
最后，用地单位凭相关审批文件，向原预审的国土资源局提出项目用地的正式申请，经各级人民政府批准后，颁发建设用地批准书。
这些步骤需严格遵循相关法律法规，确保征地的合法性和合规性。建议用地单位在办理过程中与相关部门保持密切沟通，确保每一步骤都能顺利进行。