责令停产停业的程序主要包括以下几个步骤：
立案调查：
行政机关在日常监管、检查或接到举报等情况下，发现相对人存在可能需要责令停产停业的违法行为，并进行立案。立案后，应指定两名或以上执法人员进行调查。
调查取证：
执法人员全面、客观、公正地收集与案件有关的各种证据，包括书证、物证、证人证言、视听资料等，并进行证据审核，确保证据的合法性、真实性和关联性。
事先告知：
行政机关在作出责令停产停业决定前，需向当事人送达行政处罚告知书，告知其拟作出处罚决定的事实、理由、依据，以及当事人依法享有的陈述权、申辩权和听证权等。充分听取当事人的陈述和申辩，对当事人提出的事实、理由和证据进行复核，若成立则应予以采纳，不得因当事人申辩而加重处罚。
决定审批：
对于重大的责令停产停业处罚，通常需由行政机关负责人集体讨论决定，确保处罚决定的慎重性和合法性。经调查核实、听取意见和集体讨论后，行政机关根据案件事实和法律法规，作出责令停产停业的决定。
送达执行：
将行政处罚决定书送达当事人，并告知其如不服处罚决定，可在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼。若当事人逾期不履行处罚决定，行政机关将依法申请人民法院强制执行。
后续监管：
在责令停产停业期间，行政机关应进行后续监管，确保整改措施得到有效执行，维护法律权威和市场秩序。
建议：
行政机关在实施责令停产停业措施时，应严格按照上述程序进行，确保每一步骤的合法性和公正性。
当事人在接到行政处罚告知书后，应充分行使自己的权利，进行陈述和申辩，以维护自身合法权益。
若涉及重大处罚，行政机关应组织听证，确保当事人的听证权利得到保障。