环保立案后的程序包括以下几个步骤：
受理案件：
环保部门在发现或接到举报后，应当对环境违法行为进行初步审查，判断是否符合立案条件。如果符合条件，环保部门将受理案件并进行登记。
调查取证：
受理案件后，环保部门应指派承办人员对案件进行深入调查，收集相关证据。调查过程中可以采取现场检查、询问当事人、收集书证和物证等多种手段。
审查结果：
调查结束后，承办人员应根据调查结果提出书面意见，包括事实结论和处理结论。该书面意见需要由环境行政主体负责人审查批准。
作出处罚决定：
在审查批准书面意见后，环保部门应当根据调查结果和法律规定，作出行政处罚决定。如果决定不处罚，应当说明理由；如果决定处罚，应当制作并送达行政处罚决定书。
送达处罚决定书：
行政处罚决定书制作完成后，环保部门应通过法定方式送达当事人，告知其处罚决定及其权利和义务。
执行：
当事人应当在收到行政处罚决定书后，按照处罚决定的要求进行履行。如果当事人不服处罚决定，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
结案：
在处罚决定执行完毕后，环保部门应当进行结案处理，整理相关案件材料并归档。
需要注意的是，在案件办理过程中，听证、公告、监测、鉴定和送达等时间不计入立案后作出处罚决定的期限。简易程序下，如果违法事实确凿并有法定依据，环境保护执法人员可以当场作出行政处罚决定，但不得少于3人。