工程结算程序主要包括以下几个步骤：
承包商提出付款申请
承包商根据合同规定和实际完成情况，填报一系列工程师指定格式的月报表，说明应得款项。
工程师审核
工程师对承包商提交的付款申请进行全面审核，修正或删除不合理部分，并计算付款净金额。净金额应扣除保留金、动员预付款、材料设备预付款、违约罚金等。
编制期中付款证书
工程师根据审核结果编制期中付款证书，并签发给业主。
业主支付
业主收到工程师签发的付款证书后，按合同规定时间支付给承包商。
工程竣工验收合格
每项工程验收合格后，按合同约定及时进行工程结算。验收合格后，需制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经各方签认。
监理审核结算资料
监理负责审核结算资料的完整性，确保资料符合竣工资料的验收要求，并将审核结果反馈给甲方和乙方。
甲方预算审核
甲方预算部门对乙方汇总的结算资料进行审核，并与乙方进行核对谈判，解决重大分歧。
最终签发付款
双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，经同意后在结算书上签发书面意见，并由甲方主管领导签发后交财务付款。
工程结算审计 （如需要）：工程结算审计是对施工单位在工程竣工或年度终了时，与建设单位所办理的工程价款结算的审计。审计内容包括中间结算和竣工结算的合规性、合理性等。
建议
确保资料完整：
在整个结算过程中，确保所有相关资料的完整性和准确性，避免因资料不全导致结算错误。
及时沟通：承包商、工程师、业主和监理之间应保持及时沟通，确保信息传递顺畅，减少误解和延误。
遵循合同：严格遵循合同条款，确保结算过程合法合规，维护双方的合法权益。
通过以上步骤，可以确保工程结算的顺利进行，保障建设单位和承包单位的经济利益。