程序交易存在以下缺点：
成本高：
无论是从市场上购买还是自己开发，程序交易系统的成本都非常高。
依赖于稳定的网络环境：
程序化交易系统需要长时间运行，如果出现网络延迟或服务器故障等问题，可能会导致交易差错甚至损失。
效果不确定：
很多自己开发的EA交易系统在测试中表现良好，但在实盘中可能表现不佳，甚至爆仓。
缺乏灵活性：
程序化交易一旦设定好程序和规则，就像一列按照既定轨道行驶的火车，难以像有经验的交易者那样迅速应对市场变化。
对历史数据的依赖：
程序化交易往往基于历史数据构建模型，但市场是动态变化的，历史数据可能无法反映当前市场的极端情况，导致交易决策失误。
容易产生系统性风险：
许多程序化交易的策略相似，当市场波动时，这些相似的策略可能同时做出相同的反应，从而加剧市场波动。
技术门槛高：
程序化交易需要开发者具备一定的编程知识，技术门槛较高，且系统的建立和优化是一个长期的过程。
缺少灵活性：
程序化交易系统严格按照程序执行，往往缺少灵活性，无法应对一些意外情况，如黑天鹅事件。
可能受到非数据性因素的影响：
程序化交易可能无法像人一样瞬间理解市场上突然出现的各种微妙信号，从而错失交易机会或做出错误决策。
执行效率与效果依赖：
程序化交易虽然能保证交易执行的效率，但效果取决于所设定的交易规则。如果规则不再适应市场，可能会导致亏损。
综上所述，程序交易虽然具有高效、稳定等优势，但其高成本、技术门槛、对历史数据的依赖以及缺乏灵活性等缺点也不容忽视。投资者在选择是否采用程序化交易时，应充分了解这些缺点，并根据自身情况做出合理决策。