签证确认单程序通常包括以下几个步骤：
确认签证范围
确认签证单涉及的是否为施工合同范围外的零星工程。
核实工程量、费用增减、非承包人原因导致的人工或设备窝工及相关损失。
填写工程签证单
施工单位在收到指令后七天内填写工程联系单，并上报监理单位。
监理单位签署回复意见后转交给甲方工程部门。
确认签证报告
发包人在收到承包人的签证报告后48小时内给予确认或提出修改意见。
若48小时内未回复，则视为该签证报告已被认可。
遵循签证原则
确认签证单内容是否与合同承诺、设计图纸、预算定额等相符，避免重复计算。
办理签证费用
确认签证报告后，施工单位应完成工作并报告监理和甲方验收。
验收合格后，办理工程量签证单。
管理职责与工程量的确认
甲方管理人员在签认签证单时，首先从管理职责角度确认，然后确认工程量。
监理单位的核查
监理单位收到“工程签证单”和“工程签证费用确认单”后，应对该单的依据、实物工作量、完成质量及价格是否符合合同及国家有关规定进行核查，相关人员签字并加盖单位公章后提交建设单位工程部复核。
建设单位工程部的复核
建设单位工程部对经监理单位核查认可的“工程签证单”和“工程签证费用确认单”进行复核并签署意见，相关人员签字后提交造价咨询单位。
造价咨询单位的核实
造价咨询单位对“工程签证单”和“工程签证费用确认单”中的工程量、单价、金额等内容是否符合施工合同、国家规定及市场实际水平进行核实确认并签署意见，项目负责人签字并加盖单位公章后交建设单位成本合约部。
成本中心的复核
成本管理中心对“工程签证单”和“工程签证费用确认单”进行复核的书面依据及单价、金额是否符合合同、国家规定及市场进行核查，并报送至审计部。
审计部的审核
审计部对“工程签证单”和“工程签证费用确认单”进行实地核查和审核，并报送至总经办。
总经办的签批
总经办对签批后的“工程签证单”和“工程签证费用确认单”返还给成本管理中心，成本管理中心留存一份，另两份返还给工项部，工项部留存一份，另一份返还给施工单位。
工项部的职责
工项部对工程量的真实性及准确性负责，独立完成核查和确认工作，并负责工程量确认单的追踪及督办工作，向各部门及施工单位沟通签证工作进展信息。
隐蔽工程的特别要求
隐蔽工程签证乙方应提前申报，未进行三方查验的隐蔽工程，乙方不能覆盖进入下道工序，否则，甲方不予认可。
现场查验
所有签证，甲方代表必须经3人（含）以上到现场查验并签字才能生效。
建议在实际工作中，各方应严格按照上述流程进行操作，确保签证确认单的准确性和合法性。