协贷还款的程序如下：
全部还款
借款人需要到住房公积金管理中心办理，并带上本人身份证申请预约。预约时间根据个人要求和公积金存储卡的开户银行政策而定，一般短则几天，长则不超过一个月。
借款人拨打公积金管理中心热线，查询剩余尾款金额，并预约提前还款的金额。
还款申请人填写《住房公积金管理中心住房公积金贷款提前还清贷款申请书》或《住房公积金管理中心住房公积金贷款提前偿还部分贷款申请书》，签章并提供所需资料。
受委托银行和住房公积金管理中心分别进行审批。
申请人去银行偿还贷款本息。
申请人将提前还款表送至住房公积金中心留档。
部分还款
借款人拨打公积金管理热线电话，根据语音提示输入打算提前还款的数额并进行预约还款。
还款人申请提前还款，填写《住房公积金管理中心住房公积金贷款提前还清贷款申请书》或《住房公积金管理中心住房公积金贷款提前偿还部分贷款申请书》并签章和提供所需资料。
申请人确定提前还款还贷金额和提前还贷的日期。
受委托银行和住房公积金管理中心分别进行审批。
申请人去银行偿还部分贷款本金。
申请人将提前还款表送至公积金中心留档。
建议在办理协贷还款前，借款人先与公积金管理中心和贷款银行联系，确认相关政策和所需材料，以确保还款过程顺利。