分析程序在审计过程中可以应用于以下阶段：
计划审计工作
在审计计划阶段，分析程序主要用于帮助审计师确定审计目标和制定相应的工作方向。通过综合分析被审计实体的行业、经济环境、竞争对手、财务指标等，审计师可以了解公司的核心业务和风险点，从而制定更为有效的审计策略。
风险评估
在风险评估阶段，分析程序用于了解被审计单位及其环境，并评估财务报表层次和认定层次的重大错报风险。通过比率分析、品质控制分析等方法，审计师可以识别异常趋势或与行业平均水平偏离较大的项目，进一步确定可能存在的风险。
实质性程序
在实质性程序阶段，分析程序的重点是对具体账目和交易的审计。通过交易分析、抽样分析、关联分析等方法，审计师可以确认交易的真实性、合规性和准确性，以及对不同账目之间的一致性和合理性进行验证。
总体复核
在审计结束或临近结束时，分析程序用于对财务报表进行总体复核。审计师运用分析程序，在已收集的审计证据的基础上，对财务报表整体的合理性做最终把握，评价报表仍然存在重大错报风险而未被发现的可能性，并考虑是否需要追加审计程序。
综上所述，分析程序在审计的计划、风险评估、实质性程序和总体复核阶段都可以发挥重要作用，帮助审计师提高审计效率和准确性，更好地理解被审计实体的财务状况。