书面质疑的程序如下：
提出质疑的时限
投标供应商对中标公告有异议的，应当在中标公告发布之日起7个工作日内，以书面形式向招标采购单位提出质疑。
招标采购单位的答复时限
招标采购单位应当在收到投标供应商书面质疑后7个工作日内，对质疑内容作出答复。
对答复不满意的处理
质疑供应商对招标采购单位的答复不满意或者招标采购单位未在规定时间内答复的，可以在答复期满后15个工作日内按有关规定，向同级人民政府财政部门投诉。
投诉的处理时限
财政部门应当在收到投诉后30个工作日内，对投诉事项作出处理决定。
暂停签订合同等活动
处理投诉事项期间，财政部门可以视具体情况书面通知招标采购单位暂停签订合同等活动，但暂停时间最长不得超过30日。
提交质疑函和证明材料
供应商提出质疑应当提交质疑函和必要的证明材料，质疑函应当包含明确的质疑请求、质疑对象、因质疑事项而受损害的权益、合理的事实和依据等内容。
招标采购单位的义务
招标采购单位在收到质疑后，应当履行接收手续，向投标人书面出具接收证明，或在投标人提供的回执上签字确认，并主动、耐心地向投标人澄清、说明，消除误解。
评标结果的质疑处理
投标人对评标结果提出异议和质疑的，招标人可以请评标委员会提出答复意见，然后根据评标委员会提出的答复意见答复投标人。如纠正错误导致改变中标结果，招标人应公示改变后的中标结果，并将评标委员会意见报行政监督部门备案或审批后再答复投标人。
以上是书面质疑的程序，希望对你有所帮助。