子程序结束后使用的指令是 M99。M99是子程序结束的专用指令，表示子程序执行完毕并返回主程序。在主程序中调用子程序时，通常会使用M98指令，并指定子程序号和重复调用次数。子程序可以嵌套调用，但嵌套层数通常有限制。
```
主程序：
O0001
G0
G17
G40
G49
G80
G90
T20
M6
G0
G90
G54
X-50.0
Y0.0
S1300
M98 P0001 L06
```
在这个例子中，M98指令用于调用子程序，P0001是子程序号，L06表示子程序将重复调用6次。子程序执行完毕后，程序会返回到M98指令后的下一条指令继续执行。