消毒程序的执行通常遵循以下步骤：
准备工作
消毒人员接到传染病消毒通知后，应在规定时间内迅速赶赴疫点，检查所需消毒用具、消毒剂和防护用品，做好准备工作。
现场评估
到达患者家后，消毒人员需向病人家属做好解释工作，查对门牌号和病人姓名是否符合，了解发病日期、病人居室、活动场所及日常使用的物品等情况，并据之确定消毒的对象、范围和方法。
个人防护
消毒前脱掉外衣，将其置于洁净处，穿戴好隔离服、帽、口罩、防护眼镜、手套和胶鞋，进行现场观察，了解污染情况，划分污染区和清洁区，并按面积或体积、物品多少计算出需配制的消毒药物量。
消毒顺序
消毒顺序通常遵循“先外后内、先上后下、先清洁房间后污染严重的场所”的原则，依次对门、地面、家具、墙壁等进行消毒。对于呼吸道传染病疫源地，重点做好空气消毒；对于肠道传染病疫源地，终末消毒程序是：先采样检测，后进行消毒；先喷洒消毒表面，后浸泡消毒物品；先喷雾脚下通道，后喷洒污染区域；先喷洒墙壁，后喷洒物品；先消毒重点污染区，后消毒一般污染区；先消毒饮用水，后消毒污水；先消毒呕吐物，后消毒粪便。
消毒方法
消毒应首选物理消毒法，如常规压力蒸汽灭菌法，若物理消毒法不适用，再考虑化学消毒法或其他消毒法。
物品消毒
对需集中消毒的污染衣服、床单等用品收集在一起进行处理，对患者的排泄物、呕吐物、分泌物、残余物及其他日常生活用品等严格进行消毒。
日常消毒
消毒频次应与清洁频次相同，每次使用冻干机前后及每周大清扫时都需要进行消毒。消毒剂的选择应符合相关法规和标准，且不得对设备或产品造成腐蚀或损害。
终末消毒
终末消毒包括对空鸭舍的周围环境、栏舍及用具进行全面系统的清洁消毒，按顺序做到一清、二扫、三冲洗、四消毒、五熏蒸。
记录与培训
终末消毒工作程序应按照《国家医院感染管理规范》和消毒技术管理规范有关终末消毒技术操作规程执行，终末消毒要有专业人员来进行，医务人员上岗前要经过岗前培训。
通过以上步骤，可以确保消毒程序的规范执行，有效防止病原体的传播。