轮船投诉程序主要包括以下几个方面：
海员船上投诉
海员可以对不符合《海事劳工公约》和其他相关国际公约、船旗国法规、集体协议、《海员上船聘用协议》等规定的行为进行投诉。
海员可以向本部门负责人（部门长）或船长进行口头投诉。部门长接到海员投诉应尽快给予答复，如海员对投诉的答复不满意，该海员可以进而向船长投诉，船长应亲自处理并在接到海员投诉24小时内给予答复。
如果投诉不能在船上得到协商解决，可以向公司人事部投诉，人事部应在三个工作日内给予书面答复，适宜时，与有关海员或可能被他们指定为代表的人协商。
船员可以向经授权的认可组织登轮检查员提出投诉，但投诉必须采取书面形式。
公司处理投诉程序
船员公司根据海员投诉的内容进行处理，必要时由相关部门的人员组成海员投诉调查组。
与船方建立联系，进一步收集海员投诉的具体证据，就海员的投诉向其提供公正的建议，并采取适当的措施为提出投诉的海员保密。
如公司对投诉的处置结果无法达到投诉海员的满意，双方可向主管机关申请仲裁。
中华人民共和国海事局投诉
船员可通过现场、网络或其他方式向海事管理机构进行投诉，填写并提交相应的投诉表格。
投诉人应当如实报告投诉事实和投诉人姓名及联系方式，海事管理机构不受理没有事实和匿名的投诉。
对于投诉事项属于海事管理机构管理职责范围内的，如船舶停泊在辖区港口的，由负责受理的海事管理机构进行处理；如被投诉船舶停泊在其它海事管理机构辖区港口的，由受理投诉的海事管理机构于规定期限内进行转交，并告知投诉人负责处理的海事管理机构名称及联系方式。
外国籍船舶在船船员投诉处理流程
对被投诉船舶停泊在受理投诉的海事管理机构辖区港口的，由负责受理投诉的海事管理机构进行处理；对被投诉船舶停泊在其它海事管理机构辖区港口的，由受理投诉的海事管理机构在规定期限内进行转交，并告知投诉人负责处置的海事管理机构名称及联系方式。
建议
及时投诉：海员应尽快进行投诉，以确保问题得到及时解决。
保留证据：在投诉过程中，海员应保留相关证据，以便在需要时提供。
了解法规：海员应熟悉《海事劳工公约》和其他相关国际公约，以便更好地维护自己的权益。
选择适当的投诉渠道：海员应根据具体情况选择适当的投诉渠道，如向部门长、船长、公司人事部或海事管理机构进行投诉。