股东转让股权的程序主要分为内部转让和外部转让两种情况，具体流程如下：
内部转让
自由转让 ：公司股东之间可以自由相互转让全部或部分股权，除非公司章程另有特殊规定。
外部转让
书面通知：
股东向股东以外的人转让股权的，应当尊重其他股东在同等条件下的优先购买权。转让方需将股权转让的数量、价格、支付方式和期限等事项书面通知其他股东，要求其他股东在30日内答复是否行使优先购买权。
优先购买权行使
其他股东答复行使优先购买权的，转让方需与其他股东协商确定各自的购买比例；
协商不成时，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权；
其他股东自接到书面通知之日起30日内未答复的，视为放弃优先购买权。
签订股权转让协议：
与新股东签署履行股权转让协议。
变更登记
书面通知公司要求变更股东名册并办理变更登记手续，这是公司的法定义务；
公司注销原股东出资证明书，向新股东签发出资证明书，修改公司章程及股东名册的股东名称及出资额，办理变更登记手续。
税务变更登记：
到税务部门办理税务变更登记，更新税务登记证上的股东信息。
注意事项
公司章程：
了解公司章程中关于股东转让的相关规定，确保转让过程合法合规。
内部决策：
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
协议内容：
股权转让协议应明确双方的基本信息、转让的股权数量、价格、付款方式、股权交割时间等重要条款，并由双方签字盖章。
税务处理：
根据股权转让的实际情况，按照税法规定缴纳相应的税费，如印花税、所得税等。
变更登记：
提交股权转让协议、股东会决议、修改后的公司章程等相关材料，向工商行政管理部门办理股权变更登记，并换发新的营业执照。
以上流程仅供参考，具体操作时还需根据当地法律法规和公司章程进行具体分析和处理。建议在实际操作中咨询专业律师或会计师，确保转让过程的合法性和有效性。