清除绿藻的程序可以包括以下几种方法：
水质管理
注意水质变化：若池水过肥，应及时加注新水或更换池水改善水质。平时定期加水或采用微流水养殖。
定期消毒池水：每亩水面用生石灰10公斤进行全池遍洒，或遍洒1ppm的漂白粉。施用腐熟有机肥，防止水质老化，控制丝状绿藻繁殖。
物理清除
洗刷与药浴结合：用废旧聚乙烯网片擦洗效果较好，春秋二季每两个月洗刷一次，冬季洗一次。在5月~9月绿藻繁殖高峰季节，每月洗一次，以保持干净。刷后用8ppm硫酸铜溶液浸泡15分钟~20分钟，以杀灭残留藻种。
人工清除：如果绿藻较少，刚开始生长，可以采取人工清除，用尼龙网漏斗从水中把绿藻捞起来喂猪、鸡鸭等。
生物控制
搭配放养有舔刮附生性生物食性的鱼类：例如放养一些水鸭子、黑壳虾等捕食绿藻，达到控制绿藻大面积繁殖的作用。
化学方法
使用硫酸铜：用0.7PPM硫酸铜溶液杀灭绿藻。
使用生石灰和漂白粉：每隔一个月对鱼池进行泼洒，定期消毒杀菌，消灭绿藻。
使用除藻剂：例如戊二醛或硫酸铜，倒入鱼缸或鱼池中。
其他方法
施草木灰：选择晴天上午，每亩水面用草木灰（干灰）25公斤~30公斤，站在鱼池上风口的岸边抛洒，使草木灰均匀覆盖在青泥苔上面，一般施草木灰3天后青泥开始死亡，7天内全部死亡下沉。
猪粪消除法：每亩鱼池用250公斤~300公斤鲜猪粪，泼撒在青苔生长稠密地方，一般在10天内将青苔清除干净。
施枫树叶汁：每亩水面用枫树叶30公斤，加水50公斤~100公斤，烧开后再煮半小时，取煮好的枫树叶汁全池泼洒即可。
马尾松叶法：每亩鱼池用新鲜马尾松叶20公斤浸泡后，磨碎加水成浆汁25公斤，泼洒全池，每天一次，连续使用2天~3天即可见效。
蓝矾消除法：每亩鱼池用蓝矾2公斤~3公斤，兑水20公斤，进行池间喷洒。一般5天内可消除青苔。但蓝矾用量切忌过多，以免杀死鱼类。
这些方法可以单独使用，也可以结合使用，以达到最佳的清除绿藻效果。建议在实施这些方法时，先进行小规模的试验，以确保不会对鱼池中的其他生物造成不良影响。