圆通快递公司的转让程序主要包括以下几个步骤：
初步沟通和意向确认
转让方和受让方需要就转让的意向进行初步沟通，明确转让的内容、价格、方式等关键信息。
评估转让价值和风险
双方需要对转让的价值和风险进行评估，包括对快递公司的资产、负债、业务情况、市场前景等方面进行全面了解和分析。
签订转让合同
在评估完价值和风险后，双方需要签订正式的转让合同。合同应明确转让方和受让方的权利和义务，包括转让内容、价格、方式、时间等关键条款。合同还应明确违约责任和争议解决方式，以确保双方权益得到有效保障。
向相关部门申请办理相关手续
双方需要向快递行业监管部门申请变更登记、向税务部门申报纳税等。在办理手续时，需要提供相关资料，如营业执照、税务登记证等。
业务和资料的交接
转让方需要将快递公司的业务和资料移交给受让方，包括客户资料、运营经验、设备等。在交接过程中，双方需要确认交接内容，并签署交接清单。
工商变更登记
完成交易手续后，需要进行工商变更登记，包括股权变更、法定代表人变更等方面。
建议在转让过程中，双方应选择可信赖的第三方进行尽职调查，以确保交易的合法性和可靠性。同时，建议在签订转让合同前，咨询专业律师的意见，以保障自身权益。