公司合并的程序主要包括以下几个步骤：
董事会制订合并方案
董事会负责制定公司合并的整体方案，包括合并的原因、目的、合并后各股东的权益、合并后公司章程和财产及债务承继等问题。
签订公司合并协议
合并各方（即两个或两个以上的公司）就合并的有关事项订立书面协议，协议内容应包括公司名称与住所、合并后发行的股份总数及种类和数量、资本及债务的处理方法、公司章程的变更等内容。
编制资产负债表和财产清单
合并各方需编制资产负债表和财产清单，以反映公司资产及负债状况和股东权益。这是会计合并中必须编制的报表。
合并决议的形成
公司合并决议应由公司股东会或股东大会作出，且通常需要特别决议通过。不同类型的公司的合并决议程序有所不同，例如有限责任公司需要三分之二以上表决权的股东通过，股份有限公司需要出席会议的股东所持表决权三分之二以上通过，国有独资公司则需要国有资产监督管理机构决定或审核后报本级人民政府批准。
向债权人通知和公告
公司在作出合并决议后，应通知债权人并在报纸上公告。通知和公告的目的是告知债权人以便他们作出决定，对公司的合并是否提出异议。
办理公司合并登记
合并登记分为解散登记、变更登记和新设登记。解散的公司应办理注销登记手续，存续公司应办理变更登记手续，新成立的公司应办理设立登记手续。只有完成登记后，公司合并才能得到法律上的承认。
清产核资和财务审计 （如适用）：
在企业采取合并形式进行改制时，应对被合并方的资产、负债进行全面清查，核实债权、债务关系及财产清单。涉及国有企业合并的，还需进行资产评估以防止国有资产流失。
政府批准（如适用）
如果合并需要取得主管机关的审批，则需取得其批准。例如，股份有限责任公司的合并必须经国务院授权的部门或省级人民政府批准。
这些步骤确保了公司合并的合法性和透明性，保护了各方利益，并确保了合并过程的顺利进行。建议在实际操作中，咨询专业律师和会计师以确保所有程序符合相关法律法规的要求。