在微信小程序中，有一些商品如假货、高仿商品、特定美容针剂、动物制品、易燃易爆、有毒化学品等被禁止销售。不得在小程序售卖上述商品。另外，虚拟商品如加油卡（非兑换码形式）可以在iOS系统的小程序中售卖，但iOS不支持虚拟支付，需引导用户跳转到其他平台完成支付。
个人小程序有一些功能限制，例如无法使用微信支付功能，需引导用户跳转到其他平台完成支付，这可能会影响用户体验。此外，涉及金融、电商、社区、教育等领域的类目需要更高级别的资质和审核，例如金融许可证、教育许可证等，个人小程序通常无法触及这些领域。
其他限制包括无法进行直播、不能参加微信官方活动等，且个人开发者需要支付30元/年的认证费及小程序强制备案，这些额外的成本和步骤也劝退了一部分个人开发者。
建议在开设小程序商城前，仔细阅读并了解微信小程序的规范，确保商品类别和销售行为符合平台要求，以避免违规操作带来的风险。