寺院变更法人的程序主要包括以下几个步骤：
准备资料
在法人变更前，需要准备好各种与变更有关的文件资料，包括身份证明、委托书、任命书、申请书、印章、财产证明等。
董事会决定
如果是寺庙法人换届，需要召开董事会议，决定新一届法人，提出换届提案，并选举新一届法人。
申请变更登记
申请人需要带着各种资料和申请书到县/区寺庙管理机构的法人登记窗口办理。
审批审核
申请人在受理申请后，需要等待寺庙管理机构审批审核并核准注册信息。审批程序一般需要5-15个工作日。
新法人登记
在完成审批程序并获得批准后，在法人变更的原有基础上新的法人信息被登记注册，完成寺庙法人变更手续。
办理其他相关手续
寺院负责人变更需要到原登记管理机关办理相应的变更登记手续。宗教教职人员经宗教团体认定，报县级以上人民政府宗教事务部门备案，可以从事宗教教务活动。
建议：
在整个过程中，确保所有文件资料的真实性和完整性，并按照规定的程序进行申请和审批。
如果遇到复杂情况或需要进一步的指导，建议咨询当地的宗教事务部门或专业律师。