征收耕地的程序包括以下步骤：
办理用地申请：
用地单位需要征用土地进行项目建设的，应当向土地所在地的区县国土房管局提交相关文件、资料，提出用地申请。
拟定征地方案：
行政主管部门收到用地单位提出的用地申请后，应在30日内拟定农用地转用方案、补充耕地方案、征用土地方案、工地方案。
征地审查：
国土房管局根据各项征地相关方案编制建设项目呈报说明书，并报送同级人民政府审核。
征地审核与批复：
行政主管部门收到建设项目呈报说明书和有关方案后，对文件资料齐全符合条件的，应当在5日内报经同级人民政府审核。
征用土地方案的公告：
征用农民集体所有土地的，征用土地方案应当在被征用土地所在的村、组内以书面形式公告，其中征用乡（镇）农民集体所有土地的，在乡（镇）人民政府所在地进行公告。
制定征地补偿安置方案：
区县国土房管局根据征用土地方案和征地补偿登记情况，拟定征地补偿、安置方案。
征地补偿、安置方案的公告：
有关人民政府的国土房管部门会同有关部门根据批准的征收土地方案，在征收土地公告之日起45日内以被征收土地的所有权人为单位拟定征地补偿、安置方案并予公告。
补偿安置的实施：
区县国土房管局应当依照征地补偿、安置费方案向被征用土地的农村集体经济组织和农民支付土地补偿费、地上附着物和青苗补偿费。
颁发建设用地批准书：
完成上述步骤后，县级以上地方人民政府将颁发建设用地批准书。
此外，还有一些额外的步骤和注意事项：
发布土地征收预公告：县级以上地方人民政府拟申请征收土地的，应当发布征收土地预公告，启动土地征收。预公告应包括征收范围、征收目的、开展土地现状调查的安排等内容，并采用有利于社会公众知晓的方式发布。
开展土地现状调查：对拟征收土地开展土地现状调查，查明土地的位置、权属、地类、面积，以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的权属、种类、数量等情况。
开展社会稳定风险评估：对拟征收土地开展社会稳定风险评估，确定风险点，提出风险防范措施和处置预案。
组织征地听证：被征地集体经济组织和农户就征地补偿标准和安置途径提出听证书面申请的，市、县国土资源部门应按《国土资源听证规定》组织听证。
组织报批材料：市、县国土资源部门按照规定制作报批材料，以分批次用地或单独选址项目用地等形式逐级上报审批。
缴纳有关税费：土地征收经批准后，按规定缴纳新增建设用地土地有偿使用费和耕地开垦费，税费缴清后方可领取用地批文。
两公告一登记：在征地报批前，市、县国土资源部门应当将拟征土地的用途、位置、补偿标准、安置途径等以《征地告知书》的形式告知被征地的农村集体经济组织和农户，并告知有申请听证的权利。在征地告知后，农村集体经济组织和农户在拟征土地上抢栽、抢种的青苗，抢建或突击装修的地上附着物，征地时不予补偿。
这些步骤和注意事项旨在确保土地征收过程的合法性、公正性和透明度，保护被征地农民的合法权益。建议在实际操作中严格按照这些程序进行，以确保征地的顺利进行和合法合规。