药店的停业整顿程序一般包括以下步骤：
报告与申请
药店若出售违规药品、三无药品或对人身健康有损的药品，可能会被要求停业整改。
药店需要向药监局提交停业申请，并说明停业的原因和期限。
药监局审批
药监局会对药店的停业申请进行审核，只有在药监局同意的情况下，药店才能停业。
停业时间一般不得超过6个月。
停业期间的管理
在停业期间，药店需要重新进行开业备案，并遵守相关的法律法规。
停业期间，药店不得进行药品经营活动。
听证与处罚
如果药店对停业整顿有异议，可以申请听证。
听证会之后，如果确实属于违法行为轻微或者违法事实不能成立的，不予行政处罚。
恢复营业
停业期满或提前恢复营业的，药店需要向药监局提出恢复营业的申请。
停业一年以上不办理停业手续的，经药监局公告三个月后仍未办理手续的，可能会收回药品经营许可证。
建议药店在面临停业整顿时，应积极配合药监局的调查和整改工作，确保按照相关法规要求完成整顿，以便尽快恢复合法经营。