新农合报销程序主要包括门诊报销和住院报销两个环节，具体流程如下：
门诊报销
农民可以携带相关医疗发票、社保卡等材料到就近的社区卫生服务中心或医院进行报销。
在定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用。
住院报销
在出院时，住院患者需提交住院发票、费用清单、诊断证明、住院病历等相关材料给所在村委会、乡镇卫生院或县新型农村合作医疗管理中心进行报销申请。
对于县内定点医疗机构的住院患者，可以在出院时直接通过医院的收费窗口完成二次报销结算，无需额外办理手续。
对于县外医保定点医疗机构的住院患者，需要先由患者垫付一切费用，医疗终结后，持相关票据和证明材料到所在地乡镇农医办或县新型农村合作医疗管理中心申报，由相关机构审核后进行报销。
特殊病种门诊报销
参保患者可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及有关检查、化验报告等相关资料及医疗机构证明书，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围。
报销所需材料
户口或身份证、新农合参合缴费票据、住院发票、诊断证明、费用清单、住院病历等。
注意事项
及时办理社保卡，确保报销过程中能够顺利使用。
对于异地就医的患者，需要在出院后一定时间内（如三个月内）携带相关材料到指定地点进行报销。
建议在办理新农合报销时，提前了解当地的具体政策和要求，确保所有材料齐全，以便能够顺利完成报销流程。