微信小程序虽然具有诸多优势，如轻量化、便捷性、丰富的API支持等，但也存在一些弊端，主要包括以下几点：
框架理解不足
微信小程序有其独特的开发框架，新手开发者如果没有深入理解其架构和运行机制，很容易在开发过程中遇到各种问题。例如，数据绑定的方式与传统网页开发有所不同，页面之间的跳转和传值也有特定的规则。有些开发者按照以往的经验直接套用，结果导致数据显示异常或者页面跳转失败，浪费了大量的时间在调试上。
API限制与兼容性
微信小程序提供了丰富的API，但这些API并非万能且存在一定的限制。例如，在获取用户信息方面，需要用户主动授权，若处理不当，可能无法获取到完整的用户信息，影响后续功能的实现。同时，不同版本的微信对小程序API的支持也略有差异，开发者需要考虑到兼容性问题。曾经有个小程序在开发时使用了某个新特性的API，在部分旧版本微信上就出现了无法正常运行的情况，导致大量用户流失。
设计与用户体验的“坑”
微信小程序有着严格的界面设计规范，如果不遵循这些规范，可能会导致小程序被拒绝上架或者在用户使用时出现各种显示问题。比如，按钮的大小、颜色、位置等都需要符合人体工程学和视觉美感。有个电商小程序为了突出个性，设计了非常小且颜色暗淡的购物车按钮，结果用户很难发现，导致购物转化率极低。
性能优化也是小程序开发中的一大挑战。如果加载速度过慢，用户很可能会直接关闭。图片过大、代码冗余、不合理的网络请求等都会拖慢小程序的速度。
成本问题
小程序的使用环境过于依赖微信。用户离开微信后，产品几乎没有存在感。再好的小程序，用户一旦关闭，就很容易被遗忘。更何况，微信生态里的小程序成千上万，你的产品很可能只是大海里的一滴水。
功能受限
小程序的功能相对有限，适合轻量化、工具型或社交驱动的产品。如果你的业务需要更深层的用户交互或更高的技术支持，可能还得想别的办法。
流量问题
虽然微信的入口资源丰富，但流量的归属并不完全属于你。微信可以调整规则，比如限制推广方式、优化排名算法等，这可能会影响小程序的流量和用户获取。
需要谨慎开发的小程序类别
社区和社交类小程序需要格外小心，因为这类小程序很容易成为非法活动的温床。一旦出现问题，不仅微信平台会受到影响，开发者也可能面临严重后果。因此，在开发过程中，要特别注重内容审核机制的建立，确保所有发布的内容都符合国家政策和法律法规。
聊天类小程序通常不是必要的开发选择，因为在国内即时通信领域，腾讯已经占据主导地位，用户可以通过微信等即时通信软件进行沟通。在一个即时通信软件内再开发群聊功能，可能会使操作变得复杂且冗余。
综上所述，微信小程序在开发和使用过程中存在一些明显的弊端，开发者需要在开发前充分了解并克服这些挑战，才能确保小程序的成功和用户的满意度。