小程序云开发虽然带来了许多便利，但也存在一些弊端，主要包括以下几点：
开发效率问题
需要程序员编写后台代码实现业务逻辑，编写最简单的CRUD操作也需要不少代码。
开发过程中需要对数据库进行操作，要求程序员熟悉SQL语句，增加了学习成本。
需要完成会话服务和文件上传保存等工作，需要配置后台服务器，而且安全性不高。
性能瓶颈
云函数运算时间不得超过3秒，超过3秒未处理完成会直接返回错误。
云函数单次返回数据不得超过1M，超过1M会直接报错。
云函数读取数据库较慢，因为云函数和云数据库并不在同一物理环境下，读取100次数据就已经超过3秒。
云函数并发次数有限，免费版并发数只有20次，实际使用中可能会遇到性能瓶颈。
依赖性强
小程序云开发过度依赖微信平台，如果企业完全使用云开发开发小程序，后期想要独立部署后端，将面临如何移植的问题。
功能受限
与原生应用相比，小程序的功能相对较少，无法实现一些复杂操作。
用户体验
虽然小程序在努力提升用户体验，但受限于其轻量级的特点，可能在某些方面（如加载速度、交互性等）不如原生应用。
品牌推广
小程序在品牌推广方面相对较弱，可能需要更多的运营和营销投入来提高知名度和影响力。
需求局限
小程序更适合简单的业务场景，对于复杂的业务需求可能不太适用。
综上所述，小程序云开发在提高开发效率和降低开发成本方面具有明显优势，但在性能、依赖性、功能以及用户体验等方面仍存在一些局限性和挑战。开发者在选择是否使用小程序云开发时，需要根据具体需求和场景进行权衡。