马家军余孽的最终下场是被解放军彻底剿灭或受到法律制裁。在1949年兰州战役中，解放军一举消灭了马家军主力，结束了西北地区最大军阀土匪的统治。然而，仍有一部分马家军残兵在建国后发动叛乱，最终在1950年被我军22兵团的骑兵第七师所平定。此外，1958年甘肃省各级领导根据中央和省委的指示，决定彻底肃清暗藏的反革命分子，其中包括帮助马家军残害红军的反动势力，这些人在肃反运动中被镇压。
具体到个人，如韩起功等血债累累的恶霸，最终被抓获并受到法律制裁，他们的结局自然无法逃脱法律的制裁。而那些被押往青海的红军将士，更是毫无生还之望，直接由马步芳亲自下令，遭受各种惨绝人寰的酷刑。
综上所述，马家军余孽的最终下场是被解放军剿灭或受到法律制裁，这些措施有效地清除了残余势力，维护了社会稳定和人民的安全。