新三板市场将挂牌公司分为基础层和创新层，两者在多个方面存在显著差异：
财务状况和市场认可度
创新层要求企业具备较好的财务状况或较高的市场认可度，达到一定的公众化水平。
基础层要求企业满足基本的挂牌条件，对公众化水平不作要求。
交易方式
创新层采用日内25次集合竞价或做市方式。
基础层采用日内5次集合竞价或做市方式。
投资门槛
创新层的投资门槛中等，十交易日日均资产达到150万元即可开通。
基础层的投资门槛最高，十交易日日均资产达到200万元即可开通。
信息披露
创新层企业需要披露更详细的信息，包括年报、半年报、季度报告等。
基础层企业只需披露年报和半年报。
企业质量
创新层的企业在盈利能力、成长性和市值规模等方面相对较好，符合一定标准的优质企业。
基础层包含未达到创新层标准的企业。
融资能力
创新层企业的融资能力较强，平均融资性现金流更高，有利于降低公司的资产负债率。
基础层企业的融资能力相对较弱。
发展潜力
创新层企业具有较高的成长性，有望实现持续的发展。
基础层企业的发展潜力相对较低。
投资价值
创新层企业因其优质性质，在未来可能有更高的投资价值。
基础层企业在一定程度上也具有投资价值，但整体而言，创新层企业的投资价值更高。
流动性
创新层企业的交易流动性相对较好，有助于投资者更好地买卖股票。
基础层企业的流动性相对较弱。
监管要求
创新层企业需要满足更为严格的监管要求，以确保企业质量。
基础层企业的监管要求相对较宽松。
晋升和降级
全国股转系统会定期对分层进行调整，表现优秀的企业可以从基础层晋升到创新层，反之，创新层企业若不符合标准则可能降至基础层。
这些区别使得创新层和基础层在投资决策、企业发展和市场监管等方面具有不同的影响。投资者可以根据自身的风险承受能力和投资目标，选择合适的市场层级进行投资。