分子和原子的本质区别在于化学反应中的行为：
分子：在化学反应中，分子可以分解成更小的粒子，即原子。分子是由两种或两种以上元素的原子通过化学键结合而成的。
原子：在化学反应中，原子不能再分解为更小的粒子。原子是由带正电的质子、不带电的中子和带负电的电子组成，是构成物质的最小单位。
简而言之，分子在化学反应中可分，而原子不可分。这是化学变化的微观基础